Misją Instytutu jest prowadzenie badań naukowych (taksonomicznych, filogenetycznych, genetycznych, paleontologicznych, biogeograficznych oraz pokrewnych) nad ewolucją i bioróżnorodnością świata zwierzęcego oraz gromadzenie, przechowywanie i udostępnianie zoologicznych zbiorów naukowych i propagowanie nauki według najlepszych standardów.
Instytut Systematyki i Ewolucji Zwierząt PAN powstał w roku 1989 z Zakładu Zoologii Systematycznej i Doświadczalnej PAN. Jednak historia Instytutu sięga roku 1865, kiedy to powstała Komisja Fizjograficzna założona przez Towarzystwo Naukowe Krakowskie. W tym samym czasie powstało Muzeum Przyrodnicze, pod pierwotną nazwą Muzeum Fizjograficznego, będące dzisiaj integralną częścią naszego Instytutu.