1865
W Towarzystwie Naukowym Krakowskim (TNK) powstaje Komisja Fizjograficzna (KF) z Sekcją Zoologiczną (inicjator: Maksymilian Siła-Nowicki). Nadsyłane zbiory dowodowe gromadzone są w Gabinecie Zoologicznym UJ przy ul. Św. Anny.
1868
Rozpoczyna się edycja rocznika Sprawozdanie Komisji Fizjograficznej.
1870
KF otrzymuje najwyższą kondygnację budynku „Wężykówki” przy ul. Sławkowskiej na pomieszczenie Muzeum.
1873
TNK zostaje przekształcone w Akademię Umiejętności, która przejmuje KF wraz z Muzeum. Kustoszem Muzeum KF zostaje Stanisław Zaręczny, geolog i entomolog.
1891
Z biblioteki głównej AU wydzielono księgozbiór przyrodniczy, który staje się zaczątkiem Biblioteki KF.
1910-1914
Rozbudowa gmachu AU z nowymi pomieszczeniami Muzeum Fizjograficznego na najwyższej kondygnacji.
1919-1920
W wyniku konkursu rozpisanego po śmierci W. Kulczyńskiego przez Polską Akademię Umiejętności (PAU) dyrekcję Muzeum Fiozjograficznego obejmuje Jan Stach - entomolog i paleoteriolog.
1929-1930
Wykopaliska w kopalni wosku ziemnego w Staruni; wydobycie „II nosorożca staruńskiego”
1945
Rozwiązanie KF; placówka przyjmuje nazwę Muzeum Przyrodnicze PAU i kierowane jest nadal przez J. Stacha.
1952 – 1953
Po utworzeniu Polskiej Akademii Nauk (i zawieszeniu działalności PAU) część zoologiczna Muzeum Przyrodniczego (wraz z paleontologią plejstocenu) zostaje włączona do Instytutu Zoologicznego PAN w Warszawie jako jego oddział krakowski. Dwa pozostałe działy Muzeum zostały włączone do innych jednostek PAN; zbiory naukowe i księgozbiór zostały rozdzielone na trzy części. W 1953 r. rozpoczęto edycję "Folia Biologica"
1956
Rozpoczęcie edycji „Acta Zoologica Cracoviensia” pod redakcją Jana Stacha.
1962
Wyłączenie oddziału krakowskiego z Instytutu Zoologicznego w Warszawie jako samodzielnej placówki pod nazwą Zakład Zoologii Systematycznej (ZZS) PAN pod kierownictwem Kaziemierza Kowalskiego.
1969
Fuzja ZZS, Zakładu Zoologii Doświadczalnej PAN i krakowskiej Pracowni Neuroanatomii Instytutu Nenckiego; powstaje Zakład Zoologii Systematycznej i Doświadczalnej PAN
1989
Decyzją premiera Mazowieckiego podniesiono rangę placówki nadając jej obecną nazwę Instytut Systematyki i Ewolucji Zwierząt Polskiej Akademii Nauk (ISEZ PAN).
1992
Zakup i adaptacja budynku b. Łaźni Rzymskiej przy ul. św. Sebastiana z przeznaczeniem na ekspozycję, magazyny i pracownie Muzeum Przyrodniczego ISEZ PAN.